前作の殺人事件から数年後。
ティナの父親の手で再度クリスタルレイクの底へと沈められたジェイソンであったが、キャンプに訪れていたアベックのクルーザーの錨に切断された電気ケーブルに感電、高圧電流を浴びたジェイソンは三度目の復活を果たしてしまう。
クルーザーの若者達を殺害して、ホッケーマスクを奪い取ったジェイソンはニューヨークへ向かおうとしている豪華客船に乗り込み、修学旅行を楽しむ学生を次々と殺害。
生き残った数人の乗客達はボートで脱出し、ようやくニューヨークへとたどり着く。
しかし、ジェイソンもまた彼らの後を追い、ニューヨークに乗り込んでいた。